Добрый день.
Цитата: в ООО есть управляющий ИП, он же и учредитель,больше никого нет.
В ЕГРЮЛ отражены сведения об управляющем?
Цитата: Трудовой договор не заключен. Что мы имеем права ему выплачивать?
В этом случае заключается не трудовой договор, а договор управления.
Цитата: 1. Общество вправе передатьпо договоруосуществление полномочий своего единоличного исполнительного органа управляющему.2. Общество, передавшее полномочия единоличного исполнительного органа управляющему, осуществляет гражданские права и принимает на себя гражданские обязанности через управляющего, действующего в соответствии с федеральными законами, иными нормативными правовыми актами Российской Федерации и уставом общества.3.Договор с управляющимподписывается от имени общества лицом, председательствовавшим на общем собрании участников общества, утвердившем условия договора с управляющим, или участником общества, уполномоченным решением общего собрания участников общества, либо, если решение этих вопросов отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества, председателем совета директоров (наблюдательного совета) общества или лицом, уполномоченным решением совета директоров (наблюдательного совета) общества.
Выплачиваете то, что указано в договоре.
Цитата: Дивиденды или вознаграждение?
Дивиденды получает учредитель (участник), независимо от того, руководит он организацией или нет. Управляющий получает вознаграждение.
Цитата: И кто какой налог должен после этой выплаты удержать и оплатить?
С дивидендов удерживает и уплачивает НДФЛ организация (ст. 226 НК). С вознаграждения - сам ИП в зависимости от применяемой системы налогообложения.